Das DWDS weiss zur Etymologie nichts Genaues. Was ist ein Knilch bei Euch?
https://www.dwds.de/wb/Knilch
Bei uns in Norddeutschland ist es ein unschuldiger Junge, der irgendwas (entschuldbares) verzapft hat.
Ich vermute daher auch eine Kontamination von Knabe und Milch, wie es im Milchbubengesicht zu finden ist.